長春軌道交通集團專設營運保障工作指揮組，全面負責長春農博會期間軌道交通營運工作。

在行車組織方面，8月18日至27日，軌道交通累計增加車次378次，增加運能19萬人次。其中軌道交通3號線19時前上線車28列，行車間隔5分08秒，19時后平均行車間隔6分40秒，最大行車間隔9分。設置備用車2列，1列熱備于金河街待避線，1列熱備于長影世紀城。工作日加開25個車次，增加運能1.26萬人次，周末加開57個車次，增加運能2.88萬人次。

軌道交通1、2、4、8號線仍執行當前行車計劃，設置熱備車，加大運力儲備。同時各線路行車調度員將根據長春農博會期間實際客流情況采取組織加開車次、取消列車回庫計劃等措施疏導客流。長春農博會期間，行車調度與車站做好聯動，密切關注全線客流情況，如發生大客流及時組織熱備車上線疏導客流。

在客運組織方面，長春軌道交通集團遵循“安全第一、分級控制、合理引導、及時疏散”原則，制定大客流三級限流預案，各中心抽調人員協助各線路、各車站進行客流組織工作，保證農博會期間乘車秩序。各車站結合實際，提前在出入口外、安檢口、站臺區域加派人手，做好高峰期間客流引導工作，做好與車站內民警、活動現場其他單位人員聯動溝通。加強對各出入口、換乘通道等重點部位巡視，加強對垂直電梯、扶梯、自動售票機等設備設施監控。安檢安保人員保證工作標準的同時，加快安檢速度，確保服務質量，同時注意手檢力度，開通無背包、挎包快速通過安檢通道，減少客流通檢時間。

在票務組織方面， 8 月15日前長春軌道交通集團票務清分中心向農博園站、長春站北站、凈月潭公園站分別增加配發單程票10000張、10000張、5000張，應對突發大客流使用。控制中心備用20000張單程票，以便突發特殊狀況下緊急配送使用。在8月18日至27日期間，如無特殊情況，暫停所有票務系統升級和施工作業，確保活動期間票務系統穩定運行。